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A BARI / The European Molecular Biology Network

Una conferenza internazionale
per il 20esimo anniversario di EMBnet

L'European Molecular Biology network nacque per iniziativa dell’ EMBL per sopperire alle crescenti necessità derivate dalla difficoltà di gestire e distribuire in maniera efficace i dati prodotti dalle nuove tecnologie di biologia molecolare

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Roma, 2 settembre 2008 - Nei prossimi giorni, dal 18 al 20 settembre, presso il Park Hotel San Michele di Martina Franca (TA), si svolgerà una Conferenza Internazionale di Bioinformatica sul tema: Leading applications and technologies in Bioinformatics.

 


La conferenza, organizzata dalla Dott.ssa Domenica D’Elia e dal Dott. Andreas Gisel dell’Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) dell’Area della Ricerca del CNR di Bari, vedrà la partecipazione di più di 100 scienziati, provenienti da tutte le parti del mondo, impegnati alle frontiere della ricerca scientifica biologica per celebrare il 20° anniversario di EMBnet, un network internazionale di Bioinformatica di cui L’ITB di Bari è Nodo Nazionale Italiano.


Per spiegare l’importanza e la portata di questo evento ne parliamo con la Dott.ssa Domenica D’Elia, Node Manager del Nodo Italiano EMBnet, e del Dott. Andreas Gisel che collabora attivamente con lei in questa attività, facendoci spiegare cosa è la Bioinformatica e che cosa rappresenta EMBnet.


Che cosa è la Bioinformatica?
La Bioinformatica è una disciplina che usa gli strumenti informatici per organizzare e studiare i dati biologici. La continua crescita della nostra conoscenza della vita e dei meccanismi attraverso i quali essa si sviluppa ed evolve nel tempo derivano dallo studio delle macromolecole che costituiscono gli elementi costitutivi di base di tutti gli organismi viventi, gli acidi nucleici, come il DNA e l’RNA, e le proteine. La scienza che si occupa dello studio di queste macromolecole e di come esse intervengono nella duplicazione, differenziazione e nello sviluppo della cellula è la Biologia Molecolare. Questa è una scienza relativamente giovane, nata nella seconda metà del secolo scorso grazie a due conquiste scientifiche rivoluzionarie: la scoperta, nel 1944, da parte del canadese Oswald T. Avery, della funzione del DNA come responsabile della trasmissione delle informazioni genetiche, e la scoperta della struttura a doppia elica del DNA, avvenuta nel 1953 da parte del biologo statunitense J. D. Watson e del fisico inglese F. C. Crick. Da allora i progressi fatti nel campo delle scienze biologiche, della medicina e delle biotecnologie sono stati enormi e il più grosso contributo è venuto proprio dal sequenziamento e dall’analisi molecolare del DNA e delle proteine, ma tali progressi sarebbero stati impossibili senza il supporto della Bioinformatica. La quantità di dati prodotti dalle nuove tecnologie molecolari cresce in maniera esponenziale ogni giorno e uno dei più grossi problemi che gli scienziati devono affrontare è proprio la gestione e l’analisi di questa enorme quantità di informazione. Per poter studiare i dati ottenuti dai progetti di sequenziamento, dalle analisi di espressione dei genomi e da tante altre procedure di ricerca sperimentale e no, è necessario che questi siano ben organizzati, cioè classificati e integrati, e resi disponibili in maniera facile e sicura alla comunità scientifica. Gli strumenti per fare questo sono sviluppati grazie alla ricerca Bioinformatica e computazionale. Il primi strumenti ad essere sviluppati per la gestione dei dati molecolari sono state le banche dati biologiche primarie.


Come è nato EMBnet e qual’è in suo ruolo nella ricerca Bioinformatica?
EMBnet (European Molecular Biology network) nacque nel 1988 per iniziativa dell’EMBL (European Molecular Biology Laboratory), il primo Laboratorio Europeo di Biologia Molecolare con sede ad Heidelberg, in Germania. Questa iniziativa fu promossa per rispondere alle crescenti necessità della comunità scientifica di usufruire in maniera efficace della moltitudine di dati molecolari che continuavano ad accumularsi nelle banche dati. Per comprendere appieno il senso e la portata di questa iniziativa bisogna immaginare cosa era il mondo prima dell’avvento di Internet e prima che la Bioinformatica si diffondesse ed affermasse come una disciplina scientifica, oggi nota a tutti ma che allora ben pochi conoscevano. L’accesso alle banche dati primarie di acidi nucleici e proteine, la ricerca e l’estrazione dei dati in esse contenuti, la loro integrazione ed analisi richiedevano strumenti e competenze che non erano alla portata di tutti i laboratori di biologia molecolare. Il network nacque quindi con lo scopo di costituire una rete europea di centri specializzati che dovevano farsi carico di integrare e supportare gli sforzi dell’EMBL Data Library. La finalità primaria del network era quella di sostenere la ricerca Europea nel campo della Biologia Molecolare rendendo fruibili i dati e gli strumenti di analisi bioinformatica allora disponibili attraverso una distribuzione capillare delle risorse e dei servizi, svolgendo inoltre e soprattutto un’efficace azione di formazione in questo campo. Ogni centro di ricerca aderente all’iniziativa, uno per ogni paese europeo che partecipava al network, chiamato nodo Nazionale, costituiva e costituisce ancora oggi il punto di riferimento del network facendosi carico di trasferire conoscenze, strumenti e tecnologie alla comunità scientifica nazionale attraverso una serie di servizi tra cui l’accesso alle risorse comuni del network, il supporto per il loro utilizzo e la formazione. Il nodo Italiano EMBnet è stato uno dei primi promotori di questo network grazie alle capacità intuitive della Prof.ssa Cecilia Saccone, che seppe comprendere sin d’allora l’importanza che la Bioinformatica avrebbe assunto nello sviluppo della ricerca nel campo della biologia molecolare.


Da quando è stato fondato EMBnet si è infatti trasformato da un semplice network informale di singoli rappresentanti interessati al mantenimento di banche dati biologiche ad una organizzazione internazionale che, grazie al lavoro di bioinformatici professionisti, continua a svolgere il suo ruolo attivo di comunità al servizio del progresso della ricerca scientifica biologica più avanzata.


Attualmente, la rete EMBnet è costituita da 38 nodi europei ed extraeuropei dislocati in 31 diversi Paesi, a loro volta classificati in “Nodi Nazionali” e “Nodi a funzione Speciale”, che operano in maniera cooperativa mettendo a disposizione della comunità scientifica nazionale e internazionale una serie di servizi quali: più di 150 professionisti, risorse hardware e software, includendo diverse reti e progetti di GRID computing (EGEE, DEISA, BIOINFOGRID, EELA, EMBRACE and HealthGRID) e terabytes di capacità di storage. EMBnet fornisce inoltre l'accesso a più di 120 banche dati biologiche e bibliografiche e un servizio di formazione e training in Bioinformatica attraverso un panel di esperti disponibili per corsi specializzati in situ e per collaborare in iniziative di formazione, fornendo l'accesso remoto a corsi virtuali e materiale didattico. A questo proposito EMBnet ha recentemente sviluppato e messo a disposizione anche un portale di e-Learning (http://edu.embnet.org) e inoltre pubblica un newspaper, l'EMBnet.news, disponibile presso il sito EMBnet (http://www.embnet.org/EMBnet.news) e una serie di Quick Guide per gli utenti anche queste liberamente scaricabili dal sito web.


Cosa sta organizzando EMBnet per celebrare il suo 20° anniversario?
Ci sono molte iniziative in corso, sia di divulgazione che di promozione, ma la più importante sarà proprio la Conferenza che noi, come Nodo Nazionale Italiano EMBnet, stiamo organizzando a Martina Franca. Abbiamo ricevuto moltissimi contributi da parte di bioinformatici e biologi provenienti da ogni parte del mondo. Lo scopo della conferenza sarà presentare e discutere nuovi strumenti bioinformatici e tecnologie sviluppate a servizio della ricerca scientifica in una vasta gamma di campi di applicazione come la genomica, la proteomica, la trascrittomica, la system biology, la metagenomica, le nuove tecnologie di high-throughput sequencing. In particolare, saranno discussi i problemi creati dalla massiva produzione di dati provenienti dalle nuove tecnologie di sequenziamento e degli strumenti necessari alla loro gestione ed analisi. Saranno inoltre trattati altri temi come l’integrazione, la fruizione e l’analisi dei dati biologici con metodologie di text e data mining, ontologie e tecnologia Grid. Un altro importante tema sarà la biodiversità e saranno presentati strumenti e applicazioni nel campo della biomedicina e agro-alimentare. Infine particolare rilievo verrà dato alla formazione e agli strumenti di e-Learning oggi disponibili per la formazione.


Lo scopo primario di questo evento è, come nella più antica tradizione di EMBnet, promuovere soprattutto l’integrazione e la collaborazione tra gruppi che lavorano su obiettivi comuni o convergenti. Utilizzare lo scambio di informazioni per promuovere lo sviluppo di strumenti e tecnologie sempre più rispondenti alle reali necessità dei ricercatori impegnati alle frontiere della ricerca scientifica. Il programma include inoltre ben 7 keynote lectures da parte di personalità di rilievo come per esempio Chris Sander, uno degli attori principali della nascita di EMBnet, riconosciuto a livello internazionale come il fondatore della Biologia Computazionale.
 

Sito ufficiale di EMBnet: http://www.embnet.org/

Sito della Conferenza: http://www.embnet.org/EMBnet20thAnniversary

Sito del Nodo Nazionale Italiano EMBnet: http://www.area.ba.cnr.it/embnet.htm










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